Responsable: Yves-Henri Sanejouand (DR CNRS).

Membres: Vinh Tran (PU), Bernard Offmann (PU), Johann Hendrickx (IE CNRS), Lionel Hoffmann (IE CNRS), Swapnil Mahajan (PhD).

Financements: Projet ANR EXPENANTIO (Coordinateur: M. Graber, La Rochelle; fin: 12/12). Investissement d'avenir: projet BIP-BIP (Coordinateur: M. Nilges, Insitut Pasteur, Paris; fin: 12/16).

L'équipe “Conception de protéines in silico” se consacre à deux types de tâches:

1. Accompagnement des projets expérimentaux des équipes du laboratoire et de quelques partenaires. Le but est d'aider nos collaborateurs à interpréter leurs résultats et, le cas échéant, de leur proposer de nouvelles expériences, ceci en utilisant des méthodes le plus souvent standards. Parmi les travaux en cours, ou sur le point d'être entrepris, citons:
   1. Via des simulations de dynamique moléculaire mais aussi des méthodes de bioinformatique, récemment introduites dans notre équipe (recrutement de B. Offmann), essayer de comprendre les effets de mutations sur l'activité de glycosidases, notamment lorsque celles-ci (obtenues par évolution dirigée) se trouvent être loin des résidus catalytiques (collaboration: équipe C. Tellier).
   2. Via des simulations de dynamique moléculaire, mais aussi des calculs de différences d'énergie libre, tenter de comprendre les effets de mutations sur l'énantiosélectivité des lipases (ANR EXPENANTIO).
   3. Via des prédictions des changements de conformation du nucléosome, tenter d'interpréter les variations d'accessibilité de sites enfouis (collaboration: équipe C. Thiriet).
2. Développement de méthodes permettant d'étudier la relation séquence-structure-dynamique-fonction des protéines, en privilégiant des approches originales (modes normaux, robotique, alphabet structural...). Par exemple:
   1. Après une série de travaux qui ont mis en évidence le caractère prometteur, d'une part, des coordonnées normales pour décrire les mouvements de domaines des protéines, d'autre part, des algorithmes issus de la robotique industrielle pour décrire leurs mouvements plus locaux (chaines latérales, boucles), il s'agira de combiner ces deux approches, de façon à passer aux premières applications « prédictives » (collaboration: IRCCYN, Ecole Centrale de Nantes).
   2. En utilisant des modèles simples (réseaux élastiques à minima multiples), tenter de prédire des chemins de transition entre conformères (IA BIP-BIP).
   3. Poursuivre le développement et étendre le champ d'application des alphabets structuraux, notamment dans le but d'en faire un outil d'annotation structurale (collaboration: DSIMB, Paris).