Unité Fonctionnalité et Ingénierie des Protéines FRE CNRS 3478

Présentation de la Plateforme IMPACT

johann — 2012-05-04T08:31:49Z

Présentation de la Plateforme IMPACT

MAI
11

11:00

Localisation:
Amphi H,
Batiment 28,
Campus Lombarderie

Présentation de la Plateforme IMPACT (tout public)

La plateforme IMPACT (Interactions Moléculaires Puces ACTivités) décline différentes expertises sur la base de technologies de pointe dédiées à l'étude des interactions biomoléculaires.
La plateforme apporte des solutions analytiques et R&D à travers 3 gammes de services:

Recherche de nouvelles interactions protéiques à partir d'extraits cellulaires, tissulaires…(puces à protéines,SPRi, HTRF-BRET-FRET...)
Caractérisation des interactions biomoléculaires par des approches biophysiques (SPR, microcalorimètre, dichroïsme circulaire...)
Modulation des interactions biomoléculaires et de leur fonctionnalité par des technologies novatrices de criblage (puces à petites molécules chimiques, SPRimaging...)

Différents exemples d'applications seront présentés pour illustrer l'intérêt des outils de la plateforme.

Pour plus d'information, vous pouvez consulter le site de la plateforme IMPACT

Visites d'entreprises de biotechnologie

johann — 2012-01-30T17:09:23Z

Visites d'entreprises de biotechnologie

MARS
01

MAI
10

Visites d'entreprises de biotechnologie (tout public)

TcLand Expression
In Cell Art
Atlab Pharma
Myelomax
Affilogic
Biomedical Tissues

Visites gratuites sur inscriptions au : 02 28 08 00 25 ou veronique.gratas@univ-nantes.fr

Pour plus d'information, aller sur le site de: SFR Santé Nantes

Epigénétique : prolifération et différenciation

johann — 2012-01-23T14:50:43Z

Equipe Epigénétique: prolifération et différenciation

Epigénétique: prolifération et différenciation

Responsable: Christophe Thiriet (CR1).

Membres: Gwenola Auda-Boucher (MCU), Yvonnick Chéraud (MCU), Angélique Galvani (MCU), Thierry Rouaud (IE CNRS), Vanessa Ménil (AJT CNRS), Aïda Adlassi-Lassalette (Doct.), Tanaelle Dupas (Doct.), Eloise Mocquard-bucher (Doct.)

Projets et objectifs: Le projet exploite des approches originales qui utilisent des caractéristiques uniques du modèle Physarum polycephalum et un savoir faire expérimental spécifique au laboratoire qui tire profit des techniques des chimères poulet-souris. Ces méthodologies permettent d'examiner des questionnements qui intéressent l'épigénétique tant dans les mécanismes associés aux activités nucléaires de la cellule que dans les processus de mise en place de programmes génétiques qui conduisent aux différenciations cellulaires durant le développement.

1. Mécanismes des activités de la chromatine chez Physarum

Nous avons développé des stratégies novatrices dans l'étude de la chromatine en incorporant dans Physarum des histones exogènes à des stades précis du cycle cellulaire. Par cette méthodologie, il a été possible d'examiner aussi bien la fonction de régions d'histones dans la réplication que la dynamique des histones pendant la transcription. Nos projets visent à parfaire les connaissances du fonctionnement de la chromatine qui conduisent aux différentes activités dont le substrat est le matériel génétique.
Macroplasmode de Physarum (jaune) cultivé sur un filtre de papier.

2. Influences des modifications de l'épigénome dans le développement murin

L'ontogenèse des métazoaires est une succession d'événements parfaitement orchestrés. Le deuxième volet du projet vise à comprendre les mécanismes épigénétiques qui conduisent aux différenciations cellulaires lors du développement du bourgeon de membre en patte chez la souris. Alors que ces événements sont difficilement appréciables in utero, nous tirons profit de notre savoir-faire pour générer des chimères poulet-souris pour examiner les altérations de l'épigénome au cours du développement.

In utero (E13.5)	Ex vivo (E10.5 + 5j transplant)

Comparaison du développement d'un bourgeon de membre in utero et ex vivo après 5 jours de greffe sur la membrane chorioallantoïdienne d'un embryon de poulet.

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Publications 2009

johann — 2012-01-20T14:19:36Z

Publications

<	2009	>

Alvarez-Rueda N, Ladjemi MZ , Behar G, Corgnac S, Pugniere M, Roquet F, Bascoul-Mollevi C, Baty,D, Pelegrin,A I Navarro-Teulon I - A llama single domain anti-idiotypic antibody mimicking HER2 as a vaccine : immunogenicity and efficacy -Vaccine 2009 Jul 30 ;27(35):4826-33

Arata H, Dupont A, Miné-Hattab J, Disseau L, Renodon-Cornière A, Takahashi M, Viovy JL, Cappello G. Direct observation of twisting steps during Rad51 polymerization on DNA. PNAS 2009 Nov 17 ;106(46):19239-44

Behar G, Chames1 P, Teulon I, Cornillon A, Alshoukr F, Roquet F, Pugniere M ,Teillaud J-L , Gruaz-Guyon A, Pelegrin A Baty D - Llama single-domain antibodies directed against nonconventional epitopes of tumor-associated carcinoembryonic antigen absent from nonspecific cross-reacting antigen - FEBS 2009 Jul ;276(14):3881-93.

Bitoun M, Durieux AC, Prudhon B, Bevilacqua JA, Herledan A, Sakanyan V, Urtizberea A, Cartier L, Romero NB, Guicheney P. Dynamin 2 mutations associated with human diseases impair clathrin-mediated receptor endocytosis. Hum Mutat. 2009 Oct ;30(10):1419-27.

Buddelmeijer N, Krehenbrink M, Pecorari F, Pugsley AP.Type II secretion system secretin PulD localizes in clusters in the Escherichia coli outer membrane. J Bacteriol. 2009 Jan ;191(1):161-8.

Cinier M, Petit M, Williams MN, Fabre RM, Pecorari F, Talham DR, Bujoli B, Tellier C. Bisphosphonate Adaptors for Specific Protein Binding on Zirconium Phosphonate-based Microarrays. Bioconjug Chem. 2009 Dec, 20(12):2270-7

D'Almeida A , Ionata M , Tran V , Tellier C ,Dion M ,Rabiller C. An expeditious and efficient synthesis of β-D-galactopyranosyl-(1→3)-D-N-acetylglucosamine (lacto-N-biose) using a glycosynthase from Thermus thermophilus as a catalyst. Tetrahedron : asymmetry. 2009 , vol. 20 , no 11

Dupuy L, Gauthier C, Durand G, Musnier A, Heitzler D, Herledan A, Sakanyan V, Crépieux P, Reiter E. A highly sensitive near-infrared fluorescent detection method to analyse signalling pathways by reverse-phase protein array. Proteomics. 2009 Dec ;9(24):5446-54.

Elliott GO, and Thiriet C. Chromatin tuning : towards transcription regulation and cancer therapy. Cancer Therapy 2009 Vol 7, 382-389 Review.

Feron M, Guevel L, Rouger K, Dubreil L, Arnaud MC, Ledevin M, Megeney LA, Cherel Y, Sakanyan V. PTEN Contributes to Profound PI3K/Akt Signaling Pathway Deregulation in Dystrophin-Deficient Dog Muscle.Am J Pathol. 2009 Apr ;174(4):1459-70.

ISMAIL FMD, LEVITSKY DO, DEMBITSKY VM. Aziridine alkloids as potential therapeutic agents. Eur J Med Chem. 2009 Sep ;44(9):3373-87. Review.

Koné FM, Le Béchec M, Sine JP, Dion M, Tellier C. Digital screening methodology for the directed evolution of transglycosidases.Protein Eng Des Sel. Jan ;22(1):37-44.

McIlroy D, Barteau B, Cany J, Richard P, Gourden C, Conchon S, Pitard B. DNA/amphiphilic block copolymer nanospheres promote low-dose DNA vaccination.Mol Ther. 2009 Aug ;17(8):1473-81

Piazza F and Sanejouand YH. Long-range energy transfer in proteins Phys. Biol. 6 (Nov 2009) 046014 (6pp)

Piazza F and Sanejouand YH. Energy transfer in nonlinear network models of proteins" EPL vol.88, 68001

Placier G, Watzlawick H, Rabiller C, Mattes R. Evolved beta-galactosidases from Geobacillus stearothermophilus with improved transgalactosylation yield for galacto-oligosaccharides production.Applied and Environmental Microbiology 2009, 75 (19), 6312-6321

Popova M, Shimizu H, Yamamoto KI, Lebechec M, Takahashi M, Fleury F.Detection of c-Abl kinase-promoted phosphorylation of Rad51 by specific antibodies reveals that Y54 phosphorylation is dependent on that of Y315. FEBS Lett. 2009 Jun 18 ;583(12):1867-72.

Prévost C, Takahashi M, Lavery R. Deforming DNA : from physics to biology Chemphyschem. 2009 Jun 2 ;10(9-10):1399-1404

Perruchini C, Pecorari F, Bourgeois JP, Duyckaerts C, Rougeon F, Lafaye P. Llama V(H)H antibody fragments against GFAP : better diffusion in fixed tissues than classical monoclonal antibodies. Acta Neuropathol. 2009 Nov ;118(5):685-95. Epub 2009 Jul 14.

Reymer A, Frykholm K, Morimatsu K, Takahashi M, Norden B - Structure of human Rad51 protein filament from molecular modeling and site-specific linear dichroism spectroscopy PNAS August 11, 2009 vol. 106 no. 32 13248-13253

Rigouin C., Delbarre Ladrat C., Sinquin C., Colliec-Jouault S., Dion M. - Assessment of biochemical methods to detect enzymatic depolymerization of polysaccharides Carbohydrate Polymers, 2009, vol 76, n°2 pp 279-284.

Rousserie G, Sukhanova A, Even-Desrumeaux K, Fleury F, Chames P, Baty D, Oleinikov V, Pluot M, Cohen JH, Nabiev I. - Semiconductor quantum dots for multiplexed bio-detection on solid-state microarrays. Crit Rev Oncol Hematol. 2009 May 19

Shimizu H, Popova M, Fleury F, Kobayashi M, Hayashi N, Sakane I, Kurumizaka H, Venkitaraman AR, Takahashi M, Yamamoto K. c-ABL tyrosine kinase stabilizes RAD51 chromatin association. Biochem Biophys Res Commun. 2009 May 1 ;382(2):286-91.

Thiriet C, Hayes JJ. Linker histone phosphorylation regulates global timing of replication origin firing.J Biol Chem. 2009 Jan 30 ;284(5):2823-9

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Cinier M, Petit M, Pecorari F, Talham DR, Bujoli B, Tellier C.

johann — 2012-01-19T14:59:00Z

Engineering of a phosphorylatable tag for specific protein binding on zirconium phosphonate based microarrays

J Biol Inorg Chem, 2011 Dec 13.

ABSTRACT

A phosphorylatable tag was designed and fused at the C-terminal end of proteins, which allowed efficient and oriented immobilization of capture proteins on glass substrates coated with a zirconium phosphonate monolayer. The concept is demonstrated using Nanofitin directed against lysozyme. This peptide tag (DSDSSSEDE) contains four serines in an acidic environment, which favored its in vitro phosphorylation by casein kinase II. The resulting phosphate cluster at the C-terminal end of the protein provided a specific, irreversible, and multipoint attachment to the zirconium surface. In a microarray format, the high surface coverage led to high fluorescence signal after incubation with Alexa Fluor 647 labeled lysozyme. The detection sensitivity of the microarray for the labeled target was below 50 pM, owing to the exceptionally low background staining, which resulted in high fluorescence signal to noise ratios. The performance of this new anchoring strategy using a zirconium phosphonate modified surface compares favorably with that of other types of microarray substrates, such as nitrocellulose-based or epoxide slides, which bind proteins in a nonoriented way.

photos bandeau une

johann — 2012-01-13T19:52:26Z

- photos

photos colonne gauche

johann — 2012-01-13T17:14:56Z

- photos

L. Chaput a,b , Y.-H. Sanejouand b , A. Balloumi a , V. Tran b , M. Graber a

johann — 2012-01-12T16:27:31Z

Contribution of both catalytic constant and Michaelis constant to CALB enantioselectivity: Use of FEP calculations for prediction studies

Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 76 (2012) 29–36

ABSTRACT

Candida antarctica lipase B (CALB) is characterized by its stability and ease of production and is widely used in the pharmaceutical industry. Here we report on the enantioselectivity of the enzyme using both experimental and computational methods. The apparent kinetic parameters were first experimentally determined for enantiopure butan-2-ol and pentan-2-ol substrates. We demonstrate that enantiopreference for the R form of butan-2-ol arises mainly from a lower apparent KM . This corresponds to a major contribution of ΔΔGES , the free energy difference between the ΔΔES complex formed with the R and S enantiomers, to ΔΔG‡ , the free energy difference between both transition states, in comparison with Gkcat , the activation free energy difference. In the case of pentan-2-ol, we show that the enantiopreference for the R form comes from both a lower KM and a higher kcat . In addition, we used, for the first time, the free energy perturbation method to evaluate the free energy difference between tetrahedral intermediates formed with R and S alcohol enantiomers for a series of secondary alcohols. This is a valid model for ΔΔG‡ . Computational results were found to be in qualitative agreement with experimental data, and enable the determination of substrate orientation in the active site with fair confidence.

Tous les événements

johann — 2012-01-12T15:30:19Z

Tous les évènenemts

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MAI
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